隨著醫藥電商的發展，越來越多的醫藥冷庫被建造應用，隨之而產生的就是醫藥冷庫的使用問題。醫藥冷庫在使用中不僅僅是維護好冷庫的正常運行，貨物的存放與出庫、擺放位置都是運行醫藥冷庫的重點事項。
按醫藥品性能入庫醫藥品入庫前，要根據工程商建造的方案、藥品性能，按溫、濕度要求，儲存于相應的冷庫中。同時藥品冷庫外要配備自動溫度控制調節箱，藥品冷庫管理人員一定要熟知冷庫的各項操作步驟。
整理編號庫內藥品均應實行色標管理，可免去貨物雜亂、出貨、進貨錯誤等問題，藥品搬運應嚴格遵守使用說明。
1、合理進行貨物碼堆
醫藥品在冷庫內的擺放要嚴格按照藥品GSP規定進行，藥品與冷庫地面、墻面、庫頂、風機或拍管之間應有一定的間距或采取相應的隔離措施。
堆垛醫藥品時貨物與貨物之間間隔應保持5cm左右,注意距冷風機出口100cm范圍內不得擺放藥品。藥品與庫墻、庫頂間隔30cm,與地間隔10cm,與燈間隔30cm,通道寬度100cm。同一品種不同批號不得混亂擺放，距離門口60cm范圍內不得擺放藥品。怕壓醫藥品應嚴格控制堆放高度，防止壓壞。
2、出貨進貨的注意
像其他貨物一樣，醫藥品進出貨同樣要保證速度，若冷庫溫度4℃左右，藥品進出的開門時間一定要控制在25分鐘內，若冷庫溫度在7℃時，開門時間不得超過5分鐘。醫藥庫常見應急：醫藥冷庫也難保不會突發停電、斷電等故障，因而醫藥冷庫都備有備用發電機等應急設備，及時保證冷庫正常供電。
當溫濕度自動監控系統（溫濕度記錄儀）出現異常情況時，醫藥冷庫管理人員應及時關閉冷庫門，避免更多冷氣外露，確保冷藏藥品的質量和安全。
醫藥冷庫也會有相應的“自救”系統，比如在冷庫溫度達到7℃時可自動開啟系統降溫，待溫度恢復正常值時系統則自動關閉。
3、換氣與除霜
各類醫藥制品在冷庫內貯藏過程中，會產生一些氣味，當累積到一定數量則會對存放的同類或其他類醫藥制品產生不可逆的影響。因此醫藥冷庫要定期通風換氣，換氣通風的時間一般適宜選擇在氣溫較低的早上進行。
如果冷庫是排管式制冷，在使用一段時間后蒸發器會結一層霜，不及時清除會影響制冷效果，除霜時，選用遮雨布遮住庫內醫藥品，謹慎仔細清霜，或使用冷庫附帶化霜功能，切記粗暴敲擊。